北医三院脊柱外科是国内最强的学科，生殖医学中心的治疗方法最全面、规模是国际最大之一，中国大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是新中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤、角膜移植、白内障和青光眼等方面处于国内第一方阵；消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列；心血管内科在冠心病介入治疗、心脏病人康复治疗、心血管临床与基础协调发展等方面成绩突出；成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。
经过几代人的共同努力，北医三院已跻身国内三甲医院第一方阵。医院拥有20个国家临床重点专科：骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科。心血管内科、肿瘤放疗科（放射治疗专业）2个新增国家临床重点专科建设项目。妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
近十余年来，医疗服务量和效率居于北京市前列。2021年门急诊量超过450万人次、出院患者15.3万人次、完成手术8.6万例次，平均住院日4.68天/人次，为全国领先水平。
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