目前医院实际开放床位1304张，设有头颈外科、乳腺外科、胸外科、胃外科、大肠外科、泌尿外科、胰腺外科、肝脏外科、神经外科、骨软组织外科、肿瘤妇科、肿瘤内科、放射治疗中心、中西医结合科、综合治疗科、麻醉科、介入治疗科、病理科、药剂科、检验科、内镜科、超声诊断科、放射诊断科、核医学科、心肺功能科、营养科26个临床医技科室。
截至2018年底，医院有教职员工2,334人，其中执业医师611人，护理人员1,043人，医技人员399人；正、副教授320人；博士生导师63人，硕士生导师83人，其中蒋国梁为美国放射学院院士。
专科诊疗
医院有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、病理学）、国家临床重点专科3个（肿瘤科、病理科、中西医结合科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学）、教育部创新团队1个（乳腺癌的基础和临床研究）、上海市临床医学中心3个（肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌）、上海市重中之重临床医学中心1个（上海市恶性肿瘤临床医学中心）、上海市重中之重临床重点学科1个（胸外科）、上海卫生重点学科1个（病理学）、上海市临床重点专科项目5个（肿瘤学、病理学、放射治疗学、妇科肿瘤学、胸部肿瘤学），同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室、上海市分子影像探针工程技术研究中心和上海市胰腺肿瘤研究所，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构，成立王红阳院士工作站，新建复旦大学附属肿瘤医院精准肿瘤中心，继续推进由国家疑难病症诊治能力提升工程项目。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》3本学术期刊，以及《抗癌》科普杂志。同时，医院以肿瘤优势学科为依托，与第三方合作创办了一本英文学术期刊《Precision Cancer Medicine》，努力打造肿瘤精准医学期刊的高地。
2018年医院门诊量144.72万人次，住院8.49万人次，手术4.50万人次，出院者平均住院日5.36天，医院运营效率位居全国肿瘤专科医院前茅。医院在最新的“2017年度中国最佳医院综合排行榜”（2018年11月19日复旦大学医院管理研究所发布）中位列第28位，位居全国专科医院第一名，病理科连续八年排名全国第一，肿瘤学排名全国第二，另有胸外科、核医学、妇科、泌尿外科、普外科、超声医学共计6大学科获得提名。在2018年申康绩效数据中保持全市领先，其中甲状腺癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、卵巢癌、食管癌、结直肠癌共计7大病种名列第一，另有5个病种排名2-3位，3个病种排名4-5位。
2018年医院科教事业又取得新的进展。全年共发表SCI 篇370篇，总影响因子1705.58；科研立项大幅增长，全院共获得各级各渠道科研项目190项，经费总额9,380万元，其中国家自然科学基金共74个项目获得立项资助，包括重点项目2项，重点国际合作项目1项，重大研究计划1项，连续8年领跑全市专科医院（立项数在全市所有医院排行第6名）；获得2017年度上海市科技进步一等奖1项。共招收硕士研究生54名，博士研究生76名，博士后15名；毕业硕士47名，博士59名；规培招录83名，结业75名。
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