杨尹默依托完善的临床研究经验，潜心钻研胰腺癌的分子生物学机制，研究Hedgehog信号通路在胰腺癌发生发展中的作用，并在2007及2009年分别获得国家自然科学基金的资助。

正是在医教研等方面所取得的成绩，使得杨尹默教授成为中华医学会胰腺学组成员，并在中华外科杂志、中华肝胆外科杂志、中国实用外科等十余家重要核心杂志担任编委等重要职务，多年来发表科研论文40余篇。