标准放射治疗的目标为全脑加上全脊椎，治疗涵括范围较大。传统X光放疗在治疗全脑全脊椎的同时无法避免照到腹部、骨盆腔器官，甚至可能造成放射线暴露器官的次发性肿瘤产生。相较之下，质子放疗能有效侷限放射剂量于目标组织，而不波及非治疗目标的其他器官。此外，在小儿小脑髓母细胞瘤的放射线疗程中，为了尽量消灭所有癌细胞，会于病童后颅窝额外加强放射，传统X光放疗连双侧耳蜗都会受到照射剂量，会造成小朋友后续听力减弱；若使用质子治疗，则对耳蜗的放射剂量能够趋近于零，病童放疗之后的听力得以保存。
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