接受肿瘤治疗的儿童发生第二原发肿瘤的风险受到了极大的关注，而且在接受放射治疗后风险增加。放射治疗在根除肿瘤方面是很有效的，但是辐射也是一个致癌原，而且儿童肿瘤患者比成人对辐射诱发肿瘤更为敏感。
有证据表明，当受辐射正常组织减少和正常组织辐射剂量降低时，辐射诱发第二原发肿瘤的危险也可以降低。虽然调强放射治疗（IMRT）是放射治疗的一个巨大进步，因为它使高剂量区落在敏感正常组织之外（例如，选择性地避开了某些正常组织），但却是以很大正常组织体积接受了中-低剂量辐射为代价。因此，IMRT被预测伴随着很大的辐射诱发第二原发肿瘤的风险。而质子放射治疗，特别是扫描质子射束降低了中子辐射，会降低儿童发生第二原发肿瘤的风险，这是质子治疗减少了接受辐射的正常组织的结果。
有研究表明，质子治疗诱发第二原发肿瘤的风险比IMRT降低8倍以上，比光子适形降低14倍以上，这也阐释了质子的相对优势随着靶体积的增加而提高。
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